Consolidación de la Autoridad del Estado Nacional

Durante los periodos presidenciales de Mitre y Sarmiento, la autoridad nacional fue desafiada en varias oportunidades por el levantamiento de grupos del interior del país encabezados por caudillos federales.
            En general, estas rebeliones estuvieron motivadas por la difícil situación económica que sufrían las provincias del interior y del Litoral. La ausencia de políticas nacionales tendientes a promover el desarrollo de las producciones locales y la falta de trabajo, determinaron el apoyo popular a a los caudillos locales y la creación de las "montoneras", como un medio de procurarse la subsistencia. Las rebeliones defendían las autonomías provinciales frente al avance de la autoridad del Estado Nacional que, en definitiva, respondía a los intereses hegemónicos de Buenos Aires.
    Entre los alzamientos mas importantes figura el encabezado por el riojano Ángel Vicente Peñaloza -el "Chacho"-, quien entre 1862 y 1863 mantuvo en jaque alas tropas nacionales, hasta que consiguió la firma de la "Paz de las Banderitas" donde se le reconocían ciertos derechos provinciales. pero el gobierno nacional reprobó el acuerdo y en 1863 Peñaloza volvió a tomar las armas. El presidente Mitre encomendó a Sarmiento- en ese momento gobernador de san Juan y acérrimo enemigo del riojano- la dirección de la guerra, y bajo su mando las tropas de Peñaloza fueron aniquiladas y su jefe resulto muerto.

Vicente "Chacho" Peñaloza

Otro levantamiento organizado por Felipe Varela que se extendió a las provincias de Cuyo , Córdoba y Catamarca, tuvo lugar entre 1866 y 1868. La lucha contra las numerosas montoneras seguidoras de Varela fue prolongada pero finalmente las fuerzas nacionales obtuvieron la victoria. a partir de allí, el interior quedó sometido definitivamente al órden impuesto desde Buenos Aires.

Felipe Varela

Durante la presidencia de Sarmiento, en Entre Ríos creció el prestigio de Ricardo López Jordán,  caudillo opuesto a la unificación política y a la centralización de la autoridad estatal. Su rebelión se dio en 1870, en ocasión del asesinato de Urquiza - probablemente por obra de sus seguidores - y su proclama como gobernador provincial.
Sarmiento temiendo un levantamiento federal en todo el país decretó la intervención de la provincia y enfrentó la resistencia del caudillo. López Jordán fue finalmente derrotado.
Las luchas se prolongaron durante años, pero al final los últimos caudillos federales fueron derrotados completamente por el gobierno central.